Jeśli w zeznaniu podatkowym wykazaliśmy nadpłatę podatku, wtedy urząd skarbowy ma trzy miesiące - od dnia złożenia zeznania - na jej zwrot. Gdy u. skarbowy nie zwróci nadpłaty w przepisowym terminie, podatnikowi przysługują odsetki za zwłokę (liczone od dnia złożenia zeznania do chwili zwrotu nadpłaty). Wydłużenie terminu zwrotu nadpłaty może też być spowodowane złożeniem przez podatnika korekty zeznania. Wówczas termin zwrotu nadpłaty liczony jest od dnia zgłoszonej korekty.
Może się także okazać, że podatnik ma zaległość podatkową - wtedy ewentualna nadpłata jest automatycznie zaliczana na pokrycie tych zaległości. Zwrot nadpłaty można odebrać w gotówce (w kasie u. skarbowego lub przekazem pocztowym) bądź w formie przelewu na wskazany rachunek bankowy. Warto pamiętać, że nadpłata zwracana za pośrednictwem przekazu pocztowego jest pomniejszana o koszty jej przesłania. Gdyby w naszym zeznaniu wystąpiła dopłata podatku, musimy ją uregulować w terminie wyznaczonym dla złożenia zeznania podatkowego, czyli do 30 kwietnia. Nie czekajmy więc z rozliczeniem podatku do ostatniej chwili.